2016/01/25

如何在 CentOS 安裝 R 語言，如何產生 PDF Report

要在 CentOS 安裝 R 語言執行環境，如果已經安裝好了 EPEL，直接以 yum 安裝就好了。

首先搜尋 R-project 相關的套件

yum search R-project

然後安裝需要的套件

yum -y install R.x86_64 R-devel.x86_64 R-java.x86_64 R-java-devel.x86_64

如果要自己編譯 R，必須要先下載套件（必須有 --enable-R-shlib，否則安裝 RStudio-server 會遇到問題）

yum -y install readline-common readline-devel.x86_64 texinfo texlive

tar zxvf R-3.2.2.tar.gz
cd R-3.2.2
./configure --prefix=/opt/R-3.2.2 --enable-R-shlib --with-libpng --with-jpeglib --with-libtiff --with-x
make
make install

執行 configure 時，會抱怨

configure: WARNING: neither inconsolata.sty nor zi4.sty found: PDF vignettes and package manuals will not be rendered optimally

簡單測試一下，首先編輯一個檔案 test.r

#!/usr/bin/Rscript
print("HelloR")

修改執行的權限： chmod 755 test.r，有兩種方式可以執行 R Script

# 方法1
Rscript test.r
# 方法2
./test.r

在 windows 安裝 R 並測試產生 PDF

我們先在 windows 環境測試如何產生 PDF。

為了要處理文件中以及圖表中的中文顯示問題，還必須做一些額外的設定，在設定過程中，如果有遇到 MiKTeX 或是 RStudio 需要更新套件，就直接接受更新就可以了。

  1. 安裝 R 以及 RStudio

  2. 安裝 rmarkdown, devtools, showtext

    install.packages("rmarkdown")
install.packages("devtools")
install.packages("showtext")

  3. 安裝 rticles

    devtools::install_github("rstudio/rticles")

  4. 安裝 MiKTeX 安裝後要到選單 (MilkTex 2.9 -> Maintenance(Admin) -> Update(Admin) 更新套件

  5. 打開 RStudio Tools -> Global Options -> Sweave 將 "Weave Rnw Files using" 改為 "knitr" 將 "Typeset LaTex into PDF using" 改為 "XeLaTex"

  6. File -> New File -> R Markdown Default Ouput Format 選擇 PDF 假設存檔是存成 test.Rmd，在該檔案的同一個目錄中，建立一個新檔案 header.tex，編碼為 UTF-8，以下為內容，如果把 標楷體 改成 simsun.ttc 就會變成宋體

    \usepackage{xeCJK}
\setCJKmainfont{標楷體}    % 可換字型 NSimSun

  7. 在 test.Rmd 中，調整檔案的內容如下

    ---
title: "test"
output:
  pdf_document:
    keep_tex: yes
    latex_engine: xelatex
    includes:
      in_header: header.tex
  html_document: default
  word_document: default
---

file content: 中文
```{r fig.showtext=TRUE}
summary(cars)
print("中文")
plot(cars,main='中文issue')
plot(cars,main='中文issue2')
```

```{r, echo=FALSE}
plot(cars)
```

  8. 為了控制報表輸出的目錄及檔案名稱，可以搭配 setwd 及 rmarkdown::render 的一些參數使用 

    library("rmarkdown")
setwd("D:/git/project/r")
rmarkdown::render(input="test.Rmd", output_format="all", output_file="20151201", output_dir="output", encoding="UTF-8")

Ref: showtext package integration

在 CentOS 7 測試產生 PDF

為了在 CentOS 7 產生 PDF Report 我們必須先安裝一些套件

  1. 安裝 rstudio-server，因為 pandoc 是產生 PDF 常用的指令，所以直接在 /usr/bin/pandoc 產生一個連結

    wget https://download2.rstudio.org/rstudio-server-rhel-0.99.489-x86_64.rpm
yum install --nogpgcheck rstudio-server-rhel-0.99.489-x86_64.rpm
ln -s /usr/lib/rstudio-server/bin/pandoc/pandoc /usr/bin/pandoc

  2. 安裝 textlive 及相關套件

    yum -y install texlive texlive-latex texlive-xetex
yum -y install texlive-collection-latex
yum -y install texlive-collection-latexrecommended
yum -y install texlive-xetex-def

    因為在測試過程中，一直發生一些套件缺少的錯誤訊息，所以直接把所有 textlive 的相關套件都安裝進去。

    yum -y install 'texlive-*'

  3. 因為測試時發生以下的 titling.sty 錯誤，但在 CentOS 卻沒有這個套件，所以根據 Missing *.sty files when generating PDFs #359 的建議，直接安裝 titling

    wget http://mirrors.ctan.org/macros/latex/contrib/titling.zip
unzip titling.zip
cd titling
latex titling.ins
sudo mkdir -p /usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/titling
sudo cp titling.sty /usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/titling/
sudo texhash

  4. 處理 linux 的 fonts 通常習慣使用 windows 字型，我們可以將 c:\windows\fonts 裡面的幾個常用字型上傳到 linux

    mkdir /usr/share/fonts

    然後將 simsun.ttc, msyh.ttf, msyhbd.ttf, sumhei.ttf 上傳到這個資料夾

    用以下指令更新 linux fonts

    fc-cache -f -v

    如果有更新成功，可以在這個指令的輸出結果中，看到中文字型

    fc-list

  5. 將剛剛測試的 header.tex 以及 test.Rmd 上傳到 linux 任意一個資料夾 但要注意的是，header.tex 只能填寫剛剛有上傳的字型名稱，不能填寫為字型的檔案名稱

    \usepackage{xeCJK}
\setCJKmainfont{NSimSun}

  6. 進入 R console 在 text.Rmd 以及 header.tex 的目錄中，進入 R console 的命令列中，安裝 rmarkdown以及 showtext，然後用 rmarkdown render PDF 

    install.packages("rmarkdown")
install.packages("showtext")

library("rmarkdown")
rmarkdown::render("test.Rmd")

    測試過程如下：

    > rmarkdown::render("test.Rmd")
processing file: test.Rmd
  |...........                                                      |  17%
  ordinary text without R code

  |......................                                           |  33%
label: unnamed-chunk-1 (with options) 
List of 1
 $ fig.showtext: logi TRUE

  |................................                                 |  50%
  ordinary text without R code

  |...........................................                      |  67%
label: unnamed-chunk-2 (with options) 
List of 1
 $ echo: logi FALSE

  |......................................................           |  83%
  ordinary text without R code

  |.................................................................| 100%
label: unnamed-chunk-3 (with options) 
List of 1
 $ echo: logi FALSE

output file: test.knit.md

/usr/bin/pandoc +RTS -K512m -RTS test.utf8.md --to latex --from markdown+autolink_bare_uris+ascii_identifiers+tex_math_single_backslash-implicit_figures --output test.tex --template /usr/lib64/R/library/rmarkdown/rmd/latex/default.tex --highlight-style tango --latex-engine xelatex --include-in-header header.tex --variable 'geometry:margin=1in' 
/usr/bin/pandoc +RTS -K512m -RTS test.utf8.md --to latex --from markdown+autolink_bare_uris+ascii_identifiers+tex_math_single_backslash-implicit_figures --output test.pdf --template /usr/lib64/R/library/rmarkdown/rmd/latex/default.tex --highlight-style tango --latex-engine xelatex --include-in-header header.tex --variable 'geometry:margin=1in' 

Output created: test.pdf

  7. 最後我們就能在 linux 得到裡面有中文字的 PDF Report

  8. 如果在 render 時加上 "all" 的參數，就可以同時取得 html, docx 及 pdf 三種格式的文件

    rmarkdown::render("test.Rmd", "all")
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